pkgngが1.4.3に上がった。
これより前のpkgngでは、複数レポジトリをうまく扱えない。
したがって、レポジトリ参照先にpourdriere等による自前レポジトリと公式レポジトリを設定している諸氏は1.4.3に上げるのが得策。

具体的には以下。
ports-mgmt/pkg: pkg install uses the wrong repository for some packages
要するに、追加したレポジトリからpkgをインストールしても、pkgngが公式レポジトリからpkgをダウンロードしようとする。

1.4.3では複数レポジトリを扱うための仕組みが追加された。
端的に言えば、複数レポジトリに優先度設定ができる。
まずpkg.confでCONSERVATIVE_UPGRADEを有効にし、各レポジトリの設定でPRIORITYを整数値で指定すれば、複数レポジトリの優先度を決められる。

詳細はman pkg.confせよ。
CONSERVATIVE_UPGRADEはこちら。

CONSERVATIVE_UPGRADE: boolean
 Ensure in multi repository mode that the priority is given
 as much as possible to the repository where a package was
 first installed from.  Default: NO.

PRIORITYはこちら。

PRIORITY: integer    Set the priority of the repository the
                     higher is the prefered repository.
                     Default: 0