datetimeを使うのが教科書的な回答になるわけだが、ただタイムスタンプってえのは大抵2014/06/20 23:03:58.455118というような書式になっていて、これをどう扱うかがキモ。
そうそう、二つのタイムスタンプの差、というと何かのターンアラウンドタイムとか、もっというと先方からの応答を測るためですね。
諸賢には自明のことであろー。
結論: datetime.strptime()を使う。
datetime.strptimeは与えられたフォーマットにしたがって時刻を構文解析し、datetime型に変換してくれる。
さらにdatetime型どうしで減算すると、timedelta型のオブジェクトが返る。
timedeltaオブジェクトから読み出し専用のインスタンスで日、秒、マイクロセコンドを取り出せばよい（なお時間（Hour）はない）。
スクリプト例
お目汚しではありますが例を示す。
Python2.7な。
from datetime import datetime
FMT = '%Y/%m/%d %H:%M:%S.%f'
timestampA = "2014/06/20 23:03:58.455118"
timestampB = "2014/06/30 02:55:23.196501"
tdelta = datetime.strptime(timestampB, FMT) - datetime.strptime(timestampA, FMT)
print "time difference is %i day(s) %i.%i sec." % (tdelta.days, tdelta.seconds, tdelta.microseconds)
実行結果
上記のスクリプトを実行すると以下のように。
time difference is 9 day(s) 13884.741383 sec.
以上。