MacPortsとHomebrewの違いについてざっと調べた。
双方を比較するとおおよそ以下の事が言えるようだ。

MacPorts

  • 対応ソフトウェア: 多
  • 消費ディスク: 多
  • インストール時時間: 多
  • default path: /opt/local
  • システムへの依存度: 小
  • OS  update時影響: 少

Homebrew

  • 対応ソフトウェア: 少
  • 消費ディスク: 少
  • インストール時時間: 少
  • defaultpath: /usr/local/cellar
  • システムへの依存度: 大
  • OS  update時影響: 大

ベースシステムとの独立性、という点ではMacPortsに惹かれるが、サーバ用途じゃなければ手軽そうなHomebrewでいいかな…。