7.2-RELEASE,6.4-RELEASEあたりのmergemasterにはバグがあるらしく、修正しているファイルであってもAUTOUPGRADEで上書きされてしまう事があるそうな。
最悪の場合/etc/passwdが破壊される。結構きびしい。
[ここ](http://www.freebsd.org/cgi/cvsweb.cgi/~checkout~/src/usr.sbin/mergemaster/mergemaster.sh?rev=1.71;content-type=text%2Fplain)に修正された1.71版(2008/5/19現在で最新)がある。これをダウンロードして/usr/sbin/mergemasterという名前で保存すればOK。ああもちろんオリジナルのmergemasterは取っておきましょう。
実はまだテスト中なんだが、そのうちSTABLEにも降りてくるはず。
詳細は[ここ](http://lists.freebsd.org/pipermail/freebsd-questions/2009-May/198378.html)。
/etc配下をオートメーションで修正するのはやっぱりリスクがあるので、mergemasterの前にはcp -pR /etc /etc.orgなどとして自分でもバックアップを取っておくのがよいと思った。